在臺灣，隨著資安意識擡頭，透過手機簡訊執行進階身分認證，在金融產業中，算是相當普遍的做法。然而，根據美國國家標準技術研究所（National Institute of Standards and Technology，NIST）在2016年的數位身分認證指南（Digital Authentication Guideline）中提到，他們建議企業不要再透過電信系統，包含簡訊和電話語音的方式，執行二次驗證，甚至計畫即將把這種驗證方式，排除在未來的進階身分驗證標準之外。Datablink亞太區行銷副總裁Lawrence Ang認為，企業應考慮透過其他方式執行，若是同樣要透過手機，以App的型式可以提供更加安全的驗證流程。
Lawrence Ang在2017年資安大會的議程中指出，企業透過手機簡訊提供進階身分驗證使用的一次性密碼（OTP）固然方便，但從2010年首次發現駭客針對行動電話而來的中間人攻擊（Man-In-The-Mobile，MitMo）之後，這種手法便層出不窮。
美國國家標準技術研究所（NIST）指出，透過手機簡訊取得OTP認證碼不夠安全的因素有2個：一是行動裝置的作業系統容易遭受木馬程式的中間人攻擊，進行控制；另一點則是在電信通訊基礎上，傳送簡訊的安全性受到挑戰。
最早出現的是Zeus-In-The-Mobile（ZitMo），這是可在Windows Mobile、Android、Symbian，以及BlackBerry平臺中執行，並攔截簡訊中OTP的行動裝置惡意軟體，感染途徑則是藉由已感染Zeus惡意程式的電腦，誘使用戶在行動裝置上安裝。
另一個同樣是針對手機簡訊而來，也相當有指標性的惡意軟體是SpyEye（另一種說法是SpyEye-In-The-Mobile，因此也有人寫成SPITMO），在2012年時，這個軟體大肆感染超過140萬臺的電腦與行動裝置。同一年，Eurograbber以同樣的攻擊手法，從3萬個企業與個人的銀行帳戶中，總計竊取高達3千6百萬歐元。
如今，針對Android手機的簡訊攔截，2016年甚至在俄國和巴西等地，已有駭客直接銷售木馬攻擊套件，代表性的惡意攻擊程式是Android.Bankosy。
Lawrence Ang以Datablink近期推出的行動裝置方案Mobile 110與簡訊加以比較，說明以簡訊OTP驗證的缺點，包括SIM卡片內容容易遭到複製、能夠做為認證的訊息只有文字，而且還不能太長，而手機App（Mobile 110）則可提供較多元且安全的機制，像是透過多項內容的比對的驗證模式，或是推送（Push），使用者需在手機點選才能完成流程等方法。此外，從便利性的角度來看，相較於簡訊必須透過安裝SIM卡的手機，若是採用App執行身分認證，使用者只要在行動裝置上安裝就能使用，不一定要特定的裝置才行。
他也引用Gartner的數據指出，雖然目前使用手機App的OTP比例還不高，但由於智慧型手機的普及，預估將成為2018年最主要的進階身分認證方式之一。